海水工廠化水產養殖系統主要針對高品質、高密度、高附加值的品種。如石斑魚、對蝦、鮑魚等。為了應對水源污染、天氣變化等外部影響因素，將水產養殖系統設置在室內。按照養殖品種的實際需求，對水體進行處理。以期達到高密度、高效益、低成本、低污染、自動化、反季節的綜合效益。
海水工廠化水產養殖系統包含了機械過濾系統、生化過濾系統等分系統。核心為生化過濾系統。因為換水量很小或不換水。養殖密度過高，會導致水中的氨氮和亞硝酸鹽急劇上升。利用微濾機和蛋白質分離器等設備在第一時間將魚蝦的糞便等固體懸浮物過濾掉，避免這些物質在水中因為分解細菌而變成有毒物質。已經分解的氨氮和亞硝酸鹽會導致魚蝦缺氧或中毒而死。我們利用在生物過濾器里放置濾料，培養有益細菌的方法來分解水中的氨氮和亞硝酸鹽。
因為蛋白質分離器在工作時有大量的氣泡在水中，它具有相當強的增氧的作用。因此在有蛋白質分離器存在的情況下，可以考慮不用增氧設備。
恒溫系統可以用熱泵或冷水機。北方有些地方也有用自動化鍋爐的。恒溫設備在配置時，應考慮廠房、魚池的保溫條件。而且恒溫設備在工作時，并不能一次性把水體加熱或制冷到目標溫度，而是經過多次循環，逐步地將水體的總體溫度增加到想要的溫度。
殺菌方面，臭氧與蛋白質分離器合用，蛋白質分離器就兼有了臭氧混合塔的作用。但因為長時間循環，臭氧會對生物過濾器產生負面影響。因此長期運行的循環水系統，我們建議用紫外線殺菌器對水體進行殺菌消毒。合適的鹽度對海水水生生物非常重要。特別是蝦蟹類。因為它們需要大量的礦物質維持脫殼需要。因此，保持水體中各種類型的離子濃度是重要的工作之一。
影響PH值的因素有很多。包括溶氧、藻相、氣溫等。因此，保持PH值的動態平衡是保持生物良好生長的重要條件。
大部分水生生物對水體指標的劇烈變化有應激。水體各指標的平衡可控、關鍵指標合格是海水工廠化水產養殖系統的核心內容。
系統在設計階段就應根據客戶現場的情況，養殖密度等條件，綜合考慮最大限度地節能、環保。并能產生最大的生產效益。